恐竜の島として全国的に有名になった。白亜紀前期から後期の地層が島のあちこちに露出しており、発掘されたアンモナイトや恐竜の牙などフィールドミュージアムとして公開されている。また、島では発掘体験も出来る。 大小18の島々が天草のエメラルドグリーンの海に浮ぶ御所浦諸島。ここは主に白亜紀中期~後期の地層である「御所浦層群」「姫浦層群」からなり、御所浦層群からは大量の貝化石や恐竜の骨化石、姫浦層群からはアンモナイトやイノセラムスといった大型貝類の化石が出ている。同じ地域から違う時代や環境の化石が見つかるこの島は「地層の博物館」といってよく、島内各所に見学地が整備されている。
御船町は日本で初めて肉食恐竜の化石がまとまって見つかったところ。(御船の名を取って「クマモトミフネリュウ」と呼ばれる)御船層群といわれる白亜紀後期(約9千万年前)の地層からは恐竜だけでなく、カメ・ワニ・翼竜・魚・哺乳類などたくさんの化石が見つかっており、恐竜の郷として親しまれている。町の恐竜博物館では、大型肉食恐竜の骨格標本などが展示され、迫力満点の太古の世界に浸ることが出来る。
祇園山は九州島発祥の地といわれる。というのも、ここからクサリサンゴやサンヨウチュウといった、太古の昔に海に棲んでいた生物の化石が発見されたからだ。これらの生物は、恐竜が闊歩していた頃よりはるか昔、4億3千万年前の生物。